この記事は、水産仲卸の現場で使われている販売管理システム Sabaku の開発チームが、実際の導入・運用をもとにまとめています。
この記事の要点
- インボイス制度では、免税事業者など適格請求書発行事業者以外からの課税仕入れは、原則として仕入税額控除ができない。ただし経過措置で一定割合だけ控除が認められている。
- 令和8年度税制改正で、この経過措置は2 年延長され、割合が4 段階に緩和された。2026 年 9 月末で 80% が終わり、2026 年 10 月に 70%へ下がる。以降 50% → 30% → 廃止（国税庁「令和8年度税制改正特集」）。
- 水産仲卸で重要な線引き：認定を受けた中央・地方卸売市場等を通じた委託販売分は「卸売市場特例」で満額控除を受けられるとされ（経過措置の外）。経過措置が適用されるのは、免税事業者からの買取分・市場外の直接仕入など。
- 適用可否や帳簿・書類の要件は取引の実態で変わるため、顧問税理士・国税庁で確認する（本記事は影響の整理）。
産地や小規模の出荷者から直接仕入れることのある仲卸にとって、免税事業者からの仕入をどう扱うかはインボイス制度の重要な論点です。2026 年 10 月に経過措置の控除割合が 80% から 70% へ下がり、同じ金額を仕入れても控除できる 消費税額はこれまでより減ります。
免税事業者からの仕入は「原則、控除できない」——ただし経過措置がある
インボイス制度では、仕入税額控除を受けるには原則として適格請求書（インボイス）の保存が 必要です。免税事業者など適格請求書発行事業者以外からの課税仕入れは、原則としてこの控除ができません。ただし急な負担増を避けるための経過措置があり、一定割合だけ控除が認められています。この割合が、2026 年 10 月から段階的に引き下げられます。
2026 年 10 月からの新スケジュール（80%→70%→50%→30%）
令和8年度税制改正で、この経過措置は適用期限が 2 年延長され、割合の引き下げが 4 段階に緩和されました。もともとは 80% →（2026 年 10 月）50% → 廃止の 2 段階でしたが、次のように改められています。
- 〜2026年9月30日：80%（従来どおり）
- 2026年10月1日〜2028年9月30日：70%
- 2028年10月1日〜2030年9月30日：50%
- 2030年10月1日〜2031年9月30日：30%
- 2031年10月1日〜：廃止（控除不可）
どの割合になるかは、課税仕入れを行った日で決まります。切替日（10 月 1 日）をまたぐ時期は、取引日で割合が変わるため、 いつの仕入かの確認がより大切になります。なお 7・5・3 割の控除には、一の相手先 からの課税仕入れの合計額（税込）がその年・事業年度で一定額を超える部分は対象外という 上限があり、令和8年度改正でこの上限が従来の 10 億円から 1 億円に引き下げられました（令和8年10月1日以後に開始する課税期間から）。
市場で仕入れた分も割合が下がるのか：委託販売分は卸売市場特例で満額（経過措置の外）
まず押さえるべきは、市場を通じた委託販売分はこの経過措置の話ではないという点です。認定を受けた中央・地方卸売市場等を通じて委託販売される生鮮食料品等は 「卸売市場特例」の対象とされ、卸売業者等が作成した書類（仕切書など）の保存によって 仕入税額控除を受けられるとされます。つまり対象となる委託販売分は、相手が免税かどうかに かかわらず満額控除で、80%・70%…という割合の引き下げは関係しません。詳しくは水産仲卸のインボイス対応：卸売市場特例と適格請求書で扱っています。
経過措置が適用されるのはどの仕入か：免税事業者からの買取分・市場外の直接仕入
経過措置（80%→70%…）が関わるのは、免税事業者からの買取分や、 市場を通さない産地・生産者からの直接仕入などです。相手が適格請求書 発行事業者に登録していれば通常どおり満額控除、免税事業者なら経過措置の割合、という 違いになります。だからまずは、どの仕入先が適格請求書発行事業者か（＝登録番号を持つか）を把握しておくことが出発点になります。
実務で何をするか
やることは 3 つです。仕入先の登録状況を把握し、経過措置の適用を帳簿に残し、切替日をまたぐ仕入日を正しく管理する——この順で押さえます。
- 仕入先の登録状況を把握する：買取・直接仕入の相手が適格請求書発行事業者かを確認し、免税の相手を洗い出す。
- 帳簿に経過措置の適用を記録する：経過措置の適用を受ける課税仕入れである旨など、制度で求められる記載を残す（要件は税理士・国税庁で確認）。
- 切替日をまたぐ仕入の日付を管理する：2026 年 9 月と 10 月で割合が変わるため、仕入日を正しく記録する。
日々の仕入を仕入先ごとに集約しておくと、確認したい仕入先を絞り込みやすくなり、仕入日の記録・照合もしやすくなります （各仕入先が適格請求書発行事業者かどうかの登録状況そのものは、国税庁の公表サイト等で 確認します）。仕入まわりの画面は機能一覧で確認できます。※経過措置の具体的な適用可否・帳簿の記載要件・上限の当てはめは、取引の実態により 異なります。必ず顧問税理士や国税庁の案内でご確認ください。
まとめ
免税事業者からの仕入は、原則は控除できないものの経過措置で一定割合が認められ、その割合が 2026 年 10 月から 80% → 70% へ、以降 50% → 30% → 廃止と段階的に下がります。ただし 水産仲卸では、市場を通じた委託販売分は卸売市場特例で満額のまま——この線引きを外さないこと が肝心です。まずは仕入先の登録状況の把握と、切替日をまたぐ仕入日の管理から始めましょう。
Sabaku ではどうなるか
Sabaku は仕入を取引先マスタに紐づけて記録するので、仕入先ごとに仕入データを金額・仕入日で整理して残せます。経過措置で控除割合が変わる時期の仕入も、取引先単位で履歴を追えます（書類そのものの保存は制度の要件に沿って別途対応が必要です）。※控除割合の適用可否は取引実態により異なるため、最終判断は税理士・国税庁でご確認ください。
仕入・取引先まわりの画面を見るよくある質問
Q. 免税事業者から仕入れると、消費税の控除は全くできなくなりますか？
A. いいえ、経過措置で一定割合が控除できます。2026年10月からは70%、2028年10月から50%、2030年10月から30%と段階的に下がり、2031年10月に廃止（控除不可）となる予定です。ただし認定を受けた中央・地方卸売市場等での委託販売分は「卸売市場特例」の対象とされ、仕切書等の保存により満額控除で、この割合の引き下げは関係しません。適用可否は取引の実態により異なるため、顧問税理士や国税庁でご確認ください。
Q. 市場で仕入れる分もこの経過措置の対象ですか？
A. 認定を受けた中央・地方卸売市場等を通じた委託販売分は卸売市場特例の対象とされ、卸売業者等が作成した書類（仕切書など）の保存で満額の仕入税額控除を受けられるとされます。80%・70%…という経過措置が関わるのは、免税事業者からの買取分や、市場を通さない産地・生産者からの直接仕入などです。
Q. 2026年10月をまたぐ取引は、80%と70%のどちらになりますか？
A. 控除できる割合は「課税仕入れを行った日」で決まります。2026年9月30日までの仕入は80%、10月1日以降の仕入は70%です。切替日付近は、いつの仕入かを正しく記録・確認することが大切になります。